虽然林信义和秋山真之各自负责一个专案小组，但两者能够动用的力量显然是不同的，秋山真之作为海军少将调查海军内部问题，虽然不会受到明面上的阻扰，但暗地里拖后腿显然是很正常的，比如海军就不愿意给秋山配备足够的人手调查，而司法省对于海军贪腐案也没啥积极性，毕竟在近卫师团发动叛乱后，国民的注意力都集中到陆军身上了，他们自然不会去得罪平息叛乱的主要力量。
而林信义这边就不同了，即便海军没有积极的支持，他从政府哪里得到的支持也足够排除陆军的干预把叛乱一事追查下去了。
犬养毅领导的立宪国民党虽然在国会有91席议会席位，是众议院第二大党，但比起前身宪政本党的议席数量反而下降了，政友会现在依然是议会第一大党，高达154席，新自由党也稳固上升，作为第三大党占据了89席位。
从议会的议席比例就能看得出，其实犬养毅能够被提名完全是得到了海军的支持，以立宪国民党的政治实力，以犬养毅的个性，实际上是没法获得组阁的机会的。就算是鼓吹政党政治的犬养毅及心腹也清楚这点，因此在组阁时选择了和新自由党联合。
虽然新自由党背后有着海军的支持，但犬养毅认为海军支持新自由党的目的不是为了维护藩阀政治，而是为了推动政治民主化，因此可以同自由党结盟以对抗完全倒向藩阀的政友会。
而新自由党虽然在政治上起步较迟，议会第一、第二大党其实都是从立宪时代发展起来的，按照日本人的观念都是有着深厚底蕴的，而新自由党是社会主义者组党失败后转向费边主义的产物，党内还吸纳了不少新官僚，可以说是一个没什么历史的新党，大家聚在一起倒确实因为相似的政治理念，而不是所谓的人际关系。
和议会第一、第二大党相比较，其实新自由党倒是更加接近现代理念的政党形式，而拥有光荣历史的第一、第二大党倒是更像是在野的藩阀团体。比如犬养毅领导的立宪国民党，名义上是主张“打破阀族、拥护宪政”，不过这个口号已经脱离了自己的根本。
大隈重信组建的进步党，追求的是自由民权运动与英式立宪，反对萨长藩阀推出的天皇制国体。而进步党的主要支持者，就是明治维新后首先接受了西洋文明的城市居民，他们反对萨长藩阀用新的专制政权取代旧的专制幕府。
特别是明治维新初期的殖产兴业事业，被政府以低价出售给大商人，从而形成了明治时期的财阀组织后，这些市民阶层尤为痛恨这种政商勾结的腐败行为，认为是对国民的欺骗和压榨行为。
但是日俄战争之后，资本主义在日本的发展，无产阶级的力量在城市中不断扩大，过去以小商人为主的城市居民转为了以无产阶级为主的城市居民，此时无产阶级要求打倒资本主义的压迫放在了第一位，而藩阀政治则退到了第二位。
可财阀对政党的资金收买，使得政党普遍放弃了对于财阀的攻击，而只是对着藩阀体制开炮，但事实上藩阀体制的基础正是财阀们的政商策略，而财阀们对于政党的投入，则已经准备好了跳船，也就是即便藩阀体制垮台了，财阀们依然可以通过政党政治保住自己的特权。
在这种情况下，实际上立宪国民党已经失去了在城市居民中的号召力，而变成了财阀们的一个白手套。反倒是政友会意识到了这一点，原敬放弃了和藩阀政治的对抗，进一步把政友会和地方名望家结合到了一起，然后再拉拢财阀的支持，把政友会改造成了日本上层统治者的利益代表。
而桂太郎受到政治上的攻击时，第一反应也是准备瓦解立宪国民党，他认为立宪国民党的议员们虽然鼓吹宪政，但实际上还是想当官，就政治理念上并没有什么特殊之处，完全不如第三大党新自由党在政治上那么观点鲜明。
桂太郎要是不去世的话，他的计划差不多就成功了，因为至少有三分之一的国、民党党员被其说动，打算改投其门下了，毕竟立宪国、民党上有政友会的打压，下有新自由党的追赶，其政治影响力正在快速下滑，想要组阁显然是遥遥无期，还不如趁着现在卖个好价钱。
立宪国、民党的分裂随着桂太郎病重而中止，但犬养毅也知道党员靠不住，因此他只能选择党外合作对象，新自由党自然就成了必要且唯一的选择。
特别是陆军发动兵变，犬养毅意识到想要把陆军压制下去，那么必须要得到海军的支持，否则他的政治理想就会到此结束，毕竟失败者是没法推动政治改革的。新自由党的政治理念虽然和其不太一致，但至少在民主的观点上是立场相同的。
于是犬养毅把内阁的大多数职位交给了自由党，安部矶雄担任了内相，原嘉道再次就任司法相，有了这两位的支持，林信义的四三专案小组自然就有了足够的资源对军部和政府部门进行全面的调查工作了。
林信义将小组分成了五个部门，平沼骐一郎负责对财阀支持黑龙会等右翼团体的资金进行追查，其目标正是和陆军关系密切的几家财阀，大仓、古河、三井等大财阀都列入了第一调查目录。
他对平沼等人的主张也很直接，“对于这场财阀的调查，不是为了追究责任，而是为了杜绝类似事件。如果财阀可以通过金钱来鼓动暴力团来影响政治，国家还有什么安全可言？不仅仅要调查他们对这些暴力团体的资金资助，还要追查他们通过政治献金从政策上获得的好处。”
平沼骐一郎是没有什么立场的，他是纯粹的权力生物，谁掌握了权力，他就服从于谁。虽然他对于财阀搞政商交易，收买暴力团的行动并不感冒，他觉得则是日本社会的常态，假如不能接受这样的潜规则，也就意味着还不够成熟。
但是当权力要求他去调查这些问题的时候，他又迅速的行动了起来，表现的嫉恶如仇，丝毫不肯放过一点问题。平沼很清楚一点，林信义对这些财阀下手并不是为了呼应国民的请求，而是为了清理掉海军反对派的钱袋子。
作为东大法律系的一员，一个亲海军的联盟主义团体在东大已经形成，东大作为政府的后备人才库，其法律系毕业生更是统治者的备选，只是藩阀政治和民党政治都试图利用他们，却不肯让他们主导国家政策，于是也就有了东大毕业生反对伊藤博文的事例。
海军推动的亚洲联盟主义，并不忌讳让这些东大毕业生来制定国策，毕竟海军自己是没法亲自来干政府工作的，长州派的藩阀体制能够维持，是因为长州派是维新政府政治斗争中的胜出者，所以长州派才保留了完整的军政人才，萨摩派在西南战争后都失去了组阁的能力，只能在政治上搞平衡而已。
林信义主导的海军革新社，对于萨摩阀做了一次整理，虽然统合了新萨摩系，但政治上却大量的吸纳了东大毕业生和海外留学生，特别是倾向于社会主义和自由主义的新血。新自由党能够不断在议会中扩大席位，就在于新自由党在政治上保持了进取姿态。
亚洲联盟主义和陆军的大东亚主义是完全对立的，看起来双方都主张统合亚洲民族的力量以对抗欧洲列强，但前者是建立在亚洲民族的独立自主基础上的合作，而后者则主张亚洲各民族服从于大和民族的统治，也就是让日本取代欧洲列强的地位殖民亚洲各民族。
陆海军在战略上的对立，自然也就导致了他们身后的支持者的对立，陆海军都不是单纯的军事组织，他们的身后各自有着政治团体和财阀的支持。就好比伊藤博文当初联合萨摩阀把佐贺、土佐的政治力量从政府中驱逐出去，之后支持佐贺、土佐的商人们也遭到了严厉的打压。
现在海军占了上风，林信义自然不会对支持陆军的财阀们轻轻放过，特别是陆军叛军干掉了安田财阀和三井财阀的领导人，也引发了其他财阀的不满。
安田财阀在政治上其实属于中立派，就是靠高利贷起家的安田善次郎在民众中风评不好，他的死让不少中立派财阀们大为恐慌，认为陆军的行动确实应当加以约束，否则大家都很难保证安全。
三井财阀这次遭到袭击，则属于罪有应得，三井财阀不仅仅是大陆政策的支持者，还为北一辉提供了资金以出书，可以说这次兵变中就有着三井财阀给与的资金。
而三井财阀之所以被叛军盯上，主要是团琢磨在报纸采访中过于高调，对工人的福利待遇问题大加批评，认为提高工人待遇会让日本的企业失去竞争力，这不利于日本开拓海外市场。团琢磨的发言引起了无产阶级和开明知识分子的严厉批评，叛军认为这是一个和安田一样坏的混蛋，因此也是应该被铲除的国贼。
支持亚洲经济一体化的财阀和政治上中立的财阀，这一次都主张要严厉追查叛乱分子背后的支持者，所以平沼骐一郎自然不害怕调查这些庞然大物。而在他调查过程中，也没有什么大人物出来阻止说情，这更是加强了他调查的信心。
除了调查财阀之外，另一个重点打击的对象就是以黑龙会为首的右翼团体了，这个右翼团体是林信义私下命名，按照此时日本人的观点，这些组织都应当叫暴力团，因为他们动辄以暴力恐吓他人，从而迫使别人服从自己。
当然，如黑龙会这种树立了政治理念的暴力团，已经站在了这一层次的最顶端，都可以对政治加以影响了。此次参与策划兵变，对于黑龙会来说并不是什么大不了的问题，而是他们过去常干的事，不过是过去经常在朝鲜、中国干，而现在则放在了国内。
老实说，要不是十年前政府对该种性质的组织加以打压，不少浪人甚至都已经功成名就的当上了国会议员了，那么现在黑龙会这样的团体就势力更大了。不过，在日俄战争结束后，大量军人退伍失业，使得黑龙会这样的浪人团体再一次壮大了起来。
林信义也很清楚，并不是这些退伍军人崇拜军国主义，而是日本的工业化程度太低，这些人退伍之后就失业了，因此只能投靠右翼团体干些偏门勾当。在亚洲经济一体化还没有建立之前，右翼团体的势力就不可能消亡，他能做的就是打压冒出头的那些组织，以维持基本的社会秩序。
东京地检的塩野季彦负责了这场针对黑龙会的打击行动，并扩大到了对所有暴力团的登记和打击非法犯罪的有组织活动。这一行动对于陆军中的不少人感到了威胁，毕竟连明石元二郎这样的陆军将领都和黑龙会有关系，田村都不得不找林信义打招呼，要求不要对外透露加入过玄洋、黑龙会的陆军军官的名单。
林信义给田村的答复就是，差不多年纪的能退役就退役，距离退役还很远的，也要调离重要岗位，到地方上去养老。田村对这一要求也只能接受，因为专案小组正把兵变责任推给黑龙会等激进思想的暴力团，他要是反对的话，那么脏水就会泼回给陆军身上。
和海军贪腐案的调查只有只言片语的公告不同，四三专案这里几乎是每天报告查案进程，三天必然放出一个大消息，因此把国民的注意力都集中到了查案结果上。这个社会舆论下，任何人阻止四三专案的调查，首先就会遭到舆论的攻击。
而陆军对政府的善后安排如此安静，就是扛不住社会舆论的进一步攻击，当然，田村也明白，这种强大的舆论施压，其实就是为了震慑山县领导的长州派，迫使他们接受政府的调查，而不是采取对抗措施，这个结果对于陆军中的非长州派是有利的。
在对待参加了叛乱的近卫师团官兵的审讯上，专案小组倒是没有过多的指责个人，反而尽力为这些官兵进行了辩护，认为这场兵变之所以会爆发，不是某些军人的野心发作，而是社会矛盾的激化和军中的错误教育。
专案小组公布了上百份士兵的口供，这些参与了叛乱的士兵表示，他们出军营之前压根不知道是要发动兵变，只是按照军官的要求带上了武器出了军营，等到了地方后，军官下达了命令，他们不敢进行质疑，也只好开枪。
为什么士兵不敢质疑军官的命令，因为根据《军人敕谕》，士兵不得质疑上级的命令，否则就要遭到体罚甚至是军纪处分。这种士兵不许思考，只能无思想的服从上官命令的《军人敕谕》，使得当军官下令士兵向警察开枪，向首相官邸进攻时，没人提出反对意见。
铃木喜三郎作为专案小组的主控官，也在法庭上替那些无意参加叛乱，只是服从军官命令的士兵求情，“…士兵们并无主观上的恶意，他们只是根据《军人敕谕》的要求，服从了直属长官的命令。我们不能一边禁止士兵思考，一边又要求士兵能够分辨命令的对错。”
由于平乱指挥部承诺给叛军一个公开的审讯，所以对这些官兵的控告都是在大审院进行的，法官也非军队内部人员，于是舆论很快就把军队内部的压迫给公布了出去，从而引发了舆论对《军人敕谕》的质疑，宫内省查阅资料后表示，《军人敕谕》并非明治天皇所拟，乃是山县元老拟定后请求明治天皇下发的。
宫内省的回答，让舆论对长州派的批评进一步扩大了，山县有朋也只能保持沉默，因为他不能把责任推给明治天皇。很快，陆海军大臣向大正天皇上书，认为过去的军队教育已经不合时宜，请求天皇颁发新的军人教育方针。
陆海军大臣建议，封存《军人敕谕》，以五条誓文为军人教育的核心，对久坂玄瑞、西乡隆盛恢复名誉，重建军队的道德观念。其根本核心就是纠正山县时代制造的军队内核-皇军，恢复倒幕时代的国家主义，打造国家军队的形象。