山本权兵卫是凌晨三点左右从皇宫北面的北羽桥门乘坐汽车进入的，他和其他元老不同，并不是带了一点随行人员就跑来的，而是带了一百多海军士兵和数辆汽车，按照山本的说法，他的主要任务是先保证天皇的安全。
宫中的诸位元老对于山本的说法都很腻歪，但是和此前对待山本的态度不同，因为海军贪腐案在民间引起的激烈反应，实际上大家是准备把山本边缘化的，就如同对待黑田清隆一样，虽然保留其元老身份，可是不在和他讨论什么国家大政了。
这种处置方式极为符合日本的传统政治，但是现在平息兵乱却不能不考虑海军的意见，或者说在山本代表海军表示要把军舰调动到东京来平乱开始，海军实际上已经成为了国内唯一有组织的武装力量，陆军组织被叛乱事件给瓦解了，此时从东京发布的任何命令很可能带来更加恶劣的变化，因为大家都不知道支持叛乱的陆军部队还有多少。
在意识到海军没有参加叛乱，并还能掌握住整个组织后，伊藤就不得不承认山本作为海军代表的现实，而请求山本尽快赶来皇宫讨论平乱的决策了。作为倒幕时代走来的人，伊藤很清楚一旦让山本在外面另外组织了一个平乱中心，事情就会变得更加棘手，他甚至不能确定山本到底是效忠天皇的，还是会借这一叛乱事件把他们这些元老一起给清理掉。
为了确保不留下后患，伊藤自然是要把山本弄来皇宫一起决策的，其他元老们自然也和伊藤有着同样的意识，所以坚决不肯把天皇交给海军，而是要求山本来开会。
而山本权兵卫这种一下车就要求见天皇并转移的行动，自然更加引起了元老们的不满和猜忌，伊藤当即拒绝了山本的提议，并和他说道：“当前叛军并没有进攻皇居的意图，现在皇居反而是安全的，这种情况下转移天皇出宫，如果出了什么问题，海军能够担负起全部责任吗？”
山本一下就被伊藤给问哑了，伊藤其实不是指天皇在转移途中的安全，而是认为把天皇交给海军未必安全，伊藤这是警告他，海军其实也是有叛乱的可能性的，这个可能性当然不是现实中的可能性，而是元老们可以这样宣称，毕竟海军只有他一个元老，而这里却有五位元老。
不过山本心里也是虚的，因为他知道叛乱确实和海军有关系，真要被元老们倒打一耙，海军似乎也说不上什么冤枉。他不得不降低了调门，表示海军还是愿意在元老们的领导下平息这场叛乱的，这才消除了伊藤对其的不满。
但是在坐下来开会之后，山本依然反对了陆军试图内部解决的想法，他质疑山县道，“近卫师团长山根中将现在到底在做什么？他连自己的部队都掌握不住，难道海军还能指望陆军自己内部解决？刚刚伊藤阁下也说了，叛军只是被暂时安抚住了，天亮之后他也没把握叛军的行动。我们总不能坐在这里等着叛军自行散去吧？这不是拿天皇的安危和帝国的前途当赌注吗？”
伊藤倒是认同了山本的这番质疑，山县领导的长州派在控制部队的方面确实有问题，长州派任人唯亲的缺陷在近卫师团长的人选上就出现了重大过失，在闲院宫载仁亲王被迫辞去师团长一职后，长州派让技术官僚出身的山根武亮担任了近卫师团长，山根在铁道建设和情报收集上还凑合，但是对于管理部队就没什么经验了。
可以说，正是山根武亮担任近卫师团长的期间，近卫师团的军纪就开始败坏了，这种败坏就体现在近卫师团官兵和警察的冲突事件逐年上升，山根除了偏袒部下之外，并不能对近卫师团的军纪做出有力的约束，确实不如载仁亲王对于部下的管束。
过去伊藤对于这种事情只能当做不存在，因为长州派任用私人的风气本就是藩阀政治的传统，他自己也一样大量任用自己人，陆军作为山县派的地盘，他用私人难道其他元老还能去指责他么，那么其他元老在各自地盘上还怎么经营？
只不过这一次兵变事件动摇了帝国政治的基础，才不得不让元老们开始正视这个问题。现在山县还要力主陆军内部处理问题，其实就是不想揭开陆军内部人事任免的黑幕，但此时再迁就山县，恐怕会让帝国这艘大船也一起搁浅了，伊藤自然就没法再继续默认过去的潜规则了。
面对山本的质疑，其他元老的默认，大山岩首先退让了。大山支持山县的主张，一部分是为了陆军的颜面，一部分则是知道这一次兵乱实在是陆军中非长州派的锅，他也担心扩大化后会导致陆军声誉和陆军内部非长州派都受到重创。
但是大山岩也确实不能看到帝国政治的崩盘，否则陆军就算存在也没什么意义，陆军是国家的组成部分，而非独立存在的组织，这正是他一直支持山县有朋的思想基础，为了陆军的良好运作，长州派集中权力并不是问题。
不过现在长州派的自私开始危及到国体的安全后，大山也不得不表示，陆军应当服从于国家的整体决策，不过他还是强调，至少应当让陆军试着自行解决，那样给国家带来的破坏是最小的。
大山的主张还是得到了井上和伊藤的首肯的，对于他们来说，能够以最小代价解决兵变的问题自然是首选，镇压行动越是声势浩大，事后就越难以善后。
山本见状也终于后退一步，但表示平乱指挥部不应当由陆军领导，他可以接受陆军试着自行解决问题，但不会把判断兵变危险的程度交给陆军，因为陆军现在压根没法让人相信，所以他主张应当由海军来领导平乱的指挥机构，听命于元老会议。
山县和大山当然不会支持山本的主张，由海军来领导这个平乱指挥机构，事后海军对陆军展开清算，陆军岂不是被海军完全压制住了。更何况山县心中也有鬼，他对山本权兵卫和海军的攻击，让他很担心山本和海军会依法炮制，对陆军加以还击。
事实上山县都已经准备好了，只要海军同意军部对海军贪腐案进行调查，就要把山本在海军的力量大大的清洗一遍，让海军十年内不得翻身。
海军中层以上的将领几乎都是山本一系的，河原、柴山等人虽然在海军内部压制住了山本一系，但他们在对外的各部门交涉中其实没有多少经验。河原、柴山这些人就算掌握了海军，但想要恢复过去海军省在国家政治中的影响力，并不是一朝一夕的功夫。
山本一系实际上就是西乡从道继承并发展起来的萨摩藩阀，这一系被彻底打垮，也就意味着萨摩藩阀的政治遗产要损失大半，海军内部也就彻底分裂了。
陆军现在的政治影响力下降，实际上就是长州派内部的分裂，山县一系和伊藤-儿玉一系的对抗，导致了长州藩阀变成了长州系和准长州系两派，这才让那些非长州派势力在陆军中扩大了。
海军这些年政治地位上升，主要是有人把西乡从道依赖的萨摩阀和海军新生代力量整合到了一起，从而加强了海军的整体性。山县动不了海军新生代的力量，自然就把目光转向了破绽较多的山本一系。
陆海军之间的政治斗争，在1909年就已经明面了，山县当然不敢把陆军的生死交给海军去评判，不管怎么说，今次兵乱事件确实是陆军发动的，海军抓住这一点穷追猛打，陆军就得脱一层皮，且现在还没有人肯为长州派背这口黑锅。
对于平乱指挥机构主导权的争夺让元老会议开始陷入僵局，一时之间皇宫内的众人也开始担忧几个小时后天亮了，叛军再来求见天皇该怎么办了。
不过宫中诸人并不清楚，宫外的叛军其实也是一片混乱，发动一场兵变只需要一群热血上头的年轻军官和慷慨激昂的口号就够了，在山县有朋对军队灌输的愚忠教育下，士兵压根不敢反抗军官的命令，不管合理或不合理。所以只要有一群下级军官作为骨干，就可以裹挟部队参与兵变了。
但问题在于，这些下级军官可以煽动和强迫士兵跟着自己发动兵变，但他们并没有能力左右上层的意志，也就是说，他们自己是没办法善后的，毕竟他们不是在发动革命，而是在实施兵变。
叛军的这场兵变，模仿的其实是武汉兵变，北一辉不仅写了日本改造法大纲，还写了武汉革命史，近卫师团的维新派军官正是以武汉革命史为参考发动的这场兵变。只不过他们并没有一个代表社会阶层利益的组织作为领导机构，也就意味着维新派的这场兵变实际上并不能和社会中的某一群体发生联系，自然就得不到民众的直接支持，他们的行动是孤立的。
就算维新派官兵提出了改造日本作为这场兵变的口号，但他们试图由皇族组建内阁，来推动一场动摇皇国存在基础的社会变革，显然是行不通的。上原勇作和载仁亲王都拒绝了叛军的要求，不愿意代表维新派官兵入宫觐见天皇请求维新大命。
这种局面是发动兵变的下级军官们事前没有想到的，他们原本以为上原勇作和载仁亲王平日里表现的对体制的不满是真实的，他们和自己一样都是忧国忧民之士，但兵变之后他们才发现，这两位上层的忧国之士实际上还是维护体制的，压根就没有维新的念头。
而维新派的上层也出现了分裂，林铣十郎一开始就背叛了同志，把起义计划透露给陆军上层，导致维新派军官只能各自行动起来，武藤信义虽然在兵变后被推上了领导者的位置，但是他坚决反对武力进攻皇居和处死犬养毅等国贼，认为维新派要的是一场变革而不是混乱。
在听说上原勇作和载仁亲王拒绝了代表维新派官兵向天皇进言后，武藤信义失魂落魄的把自己关在了房间里，拒绝再下达任何命令，显然这位大佐认为这场兵变已经失败了，因为没有人愿意出来收拾残局。
只是其他人并没有武藤信义这种政治眼光，他们主张要坚定的把兵变实施下去，让天皇看到他们对于国家的忠诚，从而下达维新诏书，从而挽回败局。
不过此时维新派已经失去了统一的领导。荒木贞夫和本庄繁主张应当降低要求，在天亮后谋求和政府达成妥协，以不追究兵变者的责任换取部队的回营。但下级军官中的激进派则认为，兵变就算失败了，也要用我等的鲜血唤醒国民，并主张先消灭一部分国贼，其目标指向了东京的的财阀和削减军费的政客们。
小矶国昭、冈村宁次、土肥原贤二等军官的立场则处于两者之间，他们反对妥协派把命运交给政府来处理，也反对激进派把事情弄到不可收拾，主张保持事态不继续扩大，但要进一步宣传此次维新的目标，从而尽可能的避免国民对他们的误解。
简单的说，这些稳健派军官试图在政治上获得国民的同情，那么即便兵变失败，他们也不会受到太严重的处分。不过一些维新派官兵已经向安田财阀和三井财阀下手，这两家财阀因高利贷和苛刻的工作条件而被社会舆论所批判，一开始就是维新派官兵认为需要解决的目标。
在得知上原勇作和载仁亲王都拒绝代表维新派官兵觐见天皇后，暴走的官兵决定先为国家剪除一些国贼再说，于是安田财阀的安田善次郎和三井财阀的团琢磨都被视为了需要除掉的国贼。
此时的林信义已经把办公地点转移到了新桥，东洋报业作为东京的三大报社之一，是叛军的控制目标之一。叛军占领了东京的三大报社和东京电台后，就把自己的维新目标进行了宣传。
虽然林信义这边已经得知了上原勇作和载仁亲王拒绝了维新派官兵的要求，但皇宫中迟迟不能传出平乱的命令，也让堂本等人焦虑了起来。
堂本就担忧的向林信义询问道：“要是叛军天亮后选择撤回兵营投降，这事情恐怕就不好收场了吧？”
林信义却还是相当冷静的，他对部下们说道：“我们的第一目标至少是实现了，国民对于陆军叛乱的关注很快会压倒对于海军贪污案的关注。所以，我们并没有什么损失。
接下来叛军做出什么样的选择，宫中元老们的决定如何，其实关系的是多赢还是少赢的问题，所以我们没什么可担忧的。”
在林信义的镇定下，堂本等人也是松了口气，他们是认同这种观点的，至少他们现在解决了海军的麻烦，接下来要争的，其实是能否在国策上彻底的压制住陆军。
而天亮后传来的消息，也没有超出林信义的判断，叛军没有投降认输，但也没有做出什么有效的行动，他们继续盘踞在皇宫西南的政治中心区域，除了干掉了安田善次郎和团琢磨几人外，对于兵变的目标毫无推动。
不过，当叛军宣布消灭了安田善次郎和团琢磨等国贼的消息后，宫中元老会议的形势开始有利于山本了。山本拿着叛军宣布的消息威胁道：“叛军已经开始动手杀人了，各位还要担保叛军不敢进攻皇宫吗？如果再不下定决心，海军将不会对此次平乱的后果承担责任。”
叛军昨天其实已经杀死了不少警察，不过在元老们眼中，警察是不可以和自己相提并论的，只有安田善次郎和团琢磨这样能够和自己讨论国家事务的才是人。叛军既然敢杀他们，就意味着叛军已经开始失去控制了，接下来谁也不能确定叛军会不会继续保持理智了。
在这种压力下，山县也终于退缩，接受了井上和松方提出的建议，由军人道德委员会来负责平乱。虽然东条英教大将是陆军出身，不过东条和长州派的关系并不好，但此时的东条英教已经成为了各方能够接受的平乱指挥人选。