在经过了一番坦诚而激烈的意见交换后，蔡锷和巴布什金至少在以下几个方面达成了一致。
首先是对战争的性质认定上，巴布什金同意这场战争是沙皇俄国对中国的入侵，战争的开始阶段不是起于1905年，而是在1900年，沙皇俄国通过捏造、抹黑中国人民反抗帝国主义的义和团运动入侵了中国，并制造了海兰泡、江东六十四屯等惨案。
其次是对战争责任的认定，巴布什金承认了劳工党提出的看法，这场战争中俄国人民也是受害者，他们是被沙皇政府欺骗和强迫下走上战场的，不过中国人民不会把战争责任归罪于俄罗斯人民，并不代表对那些在战争中对平民制造了反人类罪行的沙皇匪徒也进行了赦免，巴布什金支持中国方面对这些沙皇匪徒通过审判定罪。
在如何结束战争的基础上，巴布什金和蔡锷达成了布尔什维克和劳工党的合作，不过蔡锷反对布尔什维克为俄罗斯一方的唯一代表，他认为能够代表俄罗斯人民和劳工党进行合作的，应当是在民族自决原则上建立的工农兵苏维埃，布尔什维克应当在工农兵苏维埃的框架下和劳工党进行合作。
巴布什金虽然对蔡锷的这一主张颇有微词，但却也迫使蔡锷做出了一个承诺，即劳工党在本地所采取的各项措施必须经过工农兵苏维埃进行落实，不能绕开工农兵苏维埃颁发和本地居民有关的措施，战争结束时，凡是涉及到本地的条款，应当先行通知工农兵苏维埃。
当双方就此三个主要方向达成一致后，后面的具体细节问题倒是好解决多了。首要之务就是先成立上乌丁斯克工农兵苏维埃，然后以苏维埃的名义联系上乌丁斯克各城镇村落，要求他们服从苏维埃而非沙皇政府的命令。并协助中国军队劝说新色楞金斯克的俄军投降，从投降俄军中组建苏维埃领导的人民军队。
有了巴布什金所领导的布尔什维克的加入，成立上乌丁斯克工农兵苏维埃其实是一件非常简单的事。因为早在发起向外蒙方向的进攻之前，劳工党就已经开始为进军西伯利亚地区后成立当地苏维埃做准备了，而这也是从印度返回的政工干部的经验之谈。
在人生地不熟的异国他乡作战，最为重要的不是军事上的胜利，而是要取得政治上的胜利，必须要让民众了解你的政治理念和作战对象，确保民众不受到敌人的政治宣传欺骗，否则的话你的大部分力量都会耗费在和敌人无关的项目上，最终敌人就会聚集起让你难以抵抗的强大力量消灭你。
只不过，在印度时他们能够依靠正在蓬勃兴起的印度民族主义，以此作为一个支柱来组建印度人民委员会，从而和英属印度政府展开搏斗。但是在俄国，他们一开始并没有找到这样一种被俄国人民广泛认同的主张去反对沙皇政府，因此空有框架却难以真正的切断本地居民和沙皇政府之间的联系，布尔什维克的加入很好的解决了这一问题。
同样的，对于俄国的布尔什维克来说，他们过去还重来没有机会去进行过建立革命政权的实践，现在劳工党正手把手的教他们怎么干，这对于巴布什金为首的远东布尔什维克们来说，确实是一个千载难逢的机会，假如由他们自己从头摸索的话，光是如何去建立这个工农兵苏维埃，估计都要流下成桶成桶的鲜血了。
7月5日，工农红军第三师抵达了新色楞金斯克以南，北方集团在该地区已经集结了三个半步兵师和五个骑兵师，总兵力突破了5.5万人。蔡锷、蓝天蔚等任决定对新色楞金斯克发起总攻，打通通往上乌丁斯克的通道。
第七师于新色楞金斯克西北、北面发起进攻，而第三师则从西南向新色楞金斯克发起进攻。从7月7日中午开始发起进攻，到7月8日上午9点，第三师已经清理掉了新色楞金斯克西南沿河一带的堡垒，打到了城市的边缘区域，消灭的俄军接近千人。
本就士气不高的俄军，在克罗恰耶夫上校返回上乌丁斯克之后，士气就更加低落了。新色楞金斯克的俄军当时就觉得这座城市守不住了，毕竟连上乌丁斯克都受到了中国人的威胁，而没了上乌丁斯克还守什么新色楞金斯克？
之后中国军队切断了新色楞金斯克和上乌丁斯克之间的联系，更是进一步加深了城内俄军的这种想法，毕竟在中断了中俄贸易之后，新色楞金斯克就失去了贸易运输路线所带来的物资供应能力。没有了上乌丁斯克不断运来的物资，这座城市虽然有着地理位置上的防御优势，可是它没有长期坚持下去的自我维持能力，毕竟作为一个要塞这是2百年前的事了，现在的新色楞金斯克就是一座普通的城市。
被克罗恰耶夫上校留下的阿芙尼卡中校也不是什么出色的人物，这位之前和中国人在恰克图对垒时就失败过一次了，因此没人会指望这位中校能够带领他们获得什么奇迹。此外军中也开始流传，向中国人投降并不会遭到虐待，反而可以尽早回家，据说那些在张家口被俘的人，已经有人回来了，这种传闻让本地人尤为不安。
于是当中国人开始从正面进攻新色楞金斯克时，驻守的俄军其实心情相当的复杂，一边希望能够挡住中国人的进攻，担心中国人获得胜利之后会对他们展开报复；一边又期待传闻是真的，被中国人俘虏之后就能结束战争回家去了。
在这种矛盾的心理下，俄军抵抗的相当不坚决，远不及最初克罗恰耶夫上校在城内组织防御时，大家互相支援那么拼命。当时中国军队占领了外围阵地时，俄军会立刻组织部队夺回，但是现在俄军只是在阵地上进行了抵抗，失去阵地后就没人愿意去夺回阵地了，就连军官们都失去了那种坚守下去的信心。
7月8日上午10点，西城的一支俄军首先向逼近的中国军队交出武器投降，从而开启了本城守军的连锁反应。到了中午将近12点时，阿芙尼卡中校发觉城市有五分之二已经落入了中国人手中，剩下的五分之三也没多少人愿意继续抵抗下去了。
在同僚们的劝说下，阿芙尼卡中校于当日下午一点半带领城中的4千多俄军向中国人正式交出武器投降，只有驻守在色楞格河右岸的数百俄军选择了自行撤退。这一仗一共歼灭了俄军2000余人，俘虏1.1万人，上乌丁斯克以南再无俄军的主力部队了。
拿下了新色楞金斯克之后，蔡锷即令第一师全力固守图伦塔耶沃，令第三师、第七师北上围攻上乌丁斯克，并抽调骑兵部队和巴布什金领导的布尔什维克一起，选择机会进攻上乌丁斯克北面的奥诺霍伊，切断上乌丁斯克和赤塔之间的铁路联系。
奥诺霍伊位于上乌丁斯克东北的乌达河畔，在铁路没有修建之前，也是往来上乌丁斯克和赤塔的重要通道，乌达河谷和希洛克河谷，正是往来色楞格河谷地区和赤塔之间的天然通道。因此西伯利亚铁路线在这里也是沿着这条通道蜿蜒前进的。
不过，和新色楞金斯克不同，奥诺霍伊不具备什么要塞属性，因为中国人在南面而不是北面，早期这里也许是一处运输路线上的堡垒，以防备本地原住民的袭击，但是随着俄国对外贝加尔地区的开发，这里的防御需要就不断的下降了。
哪怕在图伦塔耶沃被中国人占领之后，上乌丁斯克也没有考虑这个位于自己身后的小镇会有什么安全问题，因此当巴布什金带着中国骑兵突击到这里的时候，镇内也只有500多驻军而已，且只有两名老式的青铜大炮。
巴布什金是7月11日晚攻下的奥诺霍伊，上乌丁斯克直到13日早上才知道，而赤塔方面倒是在12日晚间就得到了消息，因为一支从哈尔滨调动过来增援上乌丁斯克的部队在抵达奥诺霍伊之前得到了这个坏消息，这支部队没有勇气去进攻奥诺霍伊，直接下令军列退回了希洛克河谷。
7月15日，北方集团第一、三、七师对上乌丁斯克形成了包围，城内此时虽然有着高达3.2万兵力，但是缺乏一支真正有着作为主心骨的战斗力。克罗恰耶夫上校返回上乌丁斯克后，虽然把城内的兵力初步的编制了起来，但是士兵们的士气则已经被这场战争接连不断的失败所击溃，就连那些从欧俄过来的军官们对于这场战争也失去了信心。
假如说士兵们对于战争的悲观看法是由一连串传来的失败消息所导致的，那么军官们对战争的悲观看法则来自于欧洲的新闻，这些维护专制体制的沙皇俄国的精英们，在了解世界时可不会只看本国的新闻，他们虽然把效忠沙皇的口号放在嘴边，但却并不陌生世界的潮流是什么。
士兵们知道俄国将要失败，但不知为何失败，而这些军官们则很清楚俄国为何会失败，因为彼得堡错误的选择了自己的对手，在远东侵犯了各列强的共同利益，特别是侵犯了大英帝国的利益。整个19世纪里，还从来没有人能从大英帝国的对抗中取得什么胜利，对于中国人在印度制造的奇迹，这一刻被俄国的军官们无视了。
这是一支从上到下都清楚自己将要面临失败的军队，自然也就没人愿意为必将失败的命运去牺牲自己了。新色楞金斯克沦陷的消息传来，上乌丁斯克外围的一些本地士兵就开始逃亡了，等到中国军队逼近上乌丁斯克，奥诺霍伊失陷的消息传来，逃亡的士兵就更多了。