10月10日，袁世凯以向国会叙职的方式进入北京，10月13日秦力山为首的皇室事务委员会抛出了国务会议组建及国会改组办法。
办法中规定，国务会议由15个行政部门的长官和8位总督、14位巡抚、两位办事大臣和5位边区将军组成，另国会将组建对应的委员会，单独审核各行政部门的预算案，此外单独设立国会主席一职领导国务会议。
按照这一办法，原先回銮新政已经对传统的六部结构进行过一次变更，因此这一次国会提出的对中央各部的再改革，倒也没有引发多少轰动，只是从此前的十个部门增加到十五个部门，不免让一些舆论担忧会出现北宋官员泛滥的局面，从而对财政造成压力。
不过这一改组办法的公布却得到了许多汉人官员的支持，特别是北洋一系官员的支持，因为这次的体制改组消除了大批满人官员的职位，并把内地的满人将军排除在了国会会议之外，这意味着汉人的权力获得了极大的提升。
当然，在汉人对公布的体制改革方案欢庆鼓舞时，满人是极为不满的。仰赖当前便利的电报系统，新疆将军、甘肃新疆巡抚、陕甘总督、四川总督及内地各满洲将军都发来了反对国会提出的改组办法的电报，陕西巡抚、山西巡抚、云贵总督则发电认为应当给与满人和蒙人说话的机会，以避免国内发生分裂。
此外，湘系内部发生了分裂，两江总督魏光焘选择了中立，浙江巡抚聂缉椝则选择了支持。浙闽总督此时是淮系骨干周馥，他虽然对武汉警惕万分，但也认为改革比革命强。
虽然从声音上来说，满人的声音并不算小，但是从实力对比来看，则满人的力量就难以和达成一致的武汉和北洋相比了，不仅仅在于武汉和北洋占据了中国经济和工业基础最好的一些地区，就手中新式军队的力量而言，也不是其他人能够对抗的。
满人地方督抚中实力最强的是陕甘总督升允，手中掌握着是董福祥所建之甘军，但董福祥本人是支持光绪亲政的，虽然董福祥已经退隐，但升允也很难在董福祥反对的情况下指挥这支军队对抗朝廷。
至于其他满人督抚和满洲将军，他们的手下要么都是汉人，要么就是已经完全腐化的八旗，不要说对抗武汉和北洋的新军，就连本地体制内的力量都对付不了。
看清了满人的虚实后，袁世凯毫不客气的向光绪提出了三个建议，第一是召回内地各满洲将军商讨整顿旗务一案；第二是召回陕甘总督升允主持八旗体制改革，以杨士骧代理陕甘总督；第三是调山西巡抚张人骏回京负责户部事务，以徐锡麟为山西巡抚。
光绪虽然对袁世凯颇有成见，他甚至都不愿意任命其为国务会议的主席，但是在秦力山的劝说下，他还是点头同意了袁世凯提出的三项建议。
于此同时，武汉也向北京提出了议案，设立西南和东北行政委员会，给与更多的权力以应对两地复杂的内政外交局面。
西南行政委员会，将西藏、山南、云南、贵州、四川、湖南、湖北等地区纳入一个统一的行政区划，给与有限的外交和军事防御权力，使之具有总督以上，中央政府以下的职权。东北行政委员会，将满洲、内外蒙古及热河等地统合在一起，并有将满洲分为三省的初步想法。
这两个行政委员会的设立目的，都是为了加强中央对于边疆地区的控制，西南以湖南、湖北、四川为核心对西藏、山南、云南加强控制，东北则是以直隶、南满为核心控制北满和内外蒙古。武汉和北洋各居其中之一。
这一提案虽然有少数人反对，但却获得了大多数人的赞成，因为这两个行政委员会的成立都保证了边疆区域的安全，只不过是损害了某些人的利益，对于大多数国人来说自然是乐于看到的。特别是山南地区刚刚并入中国直辖，一旦中印冲突平息，和平时期反而让中国难以管束到这一地区，很难确保该地区继续留在国境内，而山南现在就是西藏之屏障，没有了山南，西藏也就不安全了。
而国会也就西藏事务做出了检讨，认为应当让张荫棠接任驻藏大臣，并要求噶厦政府、西藏工农兵委员会及山南工农兵委员会、山南专员接受西南行政委员会的指令，西藏、山南组建独立军分区，撤销了藏军和山南地方武装的编制。
升允接到电报后虽然有心拒绝，武汉、北洋、南京都已经形成了事实上的割据，汉人都能拥兵自重，凭什么满人不能割据地方？只是，兰州地方压根就没人挽留他，马福祥直言不讳的对他的门客说道：“甘肃这个地方这么穷，能够保境安民就已经不错了，拿什么去对抗朝廷？更何况，这是皇上的旨意，总督大人以何名义对抗圣旨呢？”
升允不得已，只能收拾行装前往北京，不过他抵达西安时却又不想走了，于是停驻西安满城向北京发电，表示自己身体有恙，希望能够留在西安养病。
袁世凯此时刚刚就任国务会议主席，并不想过于得罪这些满人亲贵，毕竟北洋也属于体制内的力量，既然已经把升允搞下台了，自然就不能继续追杀下去了，否则岂不是破坏了官场的规矩。
但是秦力山却不同意，他认为升允停留在西安满城内颇有观望局势的投机想法，且西安将军松溎也迟迟不肯入京，让他们留在地方上，无疑是给了满人一个割据地方的希望，对国务会议的权威有着消极的影响。
因此在通报了光绪之后，国会派人前往西安探望升允病情，并调查西安满城的情况。面对国会的不依不饶，升允觉得不妙，说感觉自己病情好转又可以上京了，不过国会立刻以升允涉嫌同荣禄勾结为由，提请光绪将其革职并令松溎押解其入京受审。
升允的下场极大的震撼了各地的满人官吏，这让他们意识到，大清的权威固然是伊于胡底了，但是有着汉人武力支撑起来的国务会议，对于各地依然是有着足够的震慑力的。只要武汉和北洋达成一致，那么国务会议的决定就必然能够落实下去，而地方上压根就不会为了满人和国务会议对抗。
事实上又何止是满人，就算是汉人的地方势力，也一样难以抗衡这两个国内最大实力派的联合。湘系就是地方势力中最为尴尬的一个存在，作为太平天国后第一个崛起的汉人军政集团，在满清数十年如一日的拆分和打压下，湘系其实已经很难再说成是一个独立的军政集团，只能说是一群有渊源的汉人官僚的联合体。
这一联合体在大清的体制内固然还有着不小的影响力，但已经不能像刚刚平灭了太平天国时对地方上一手遮天了。所以刘坤一死后，朝廷一度想要收回湘系所霸占的两江总督的位置，也差点就成功了，如果铁良不去招惹湖北人的话。
虽然之后因为湖北爆发了兵变，使得魏光焘又坐稳了两江总督的位置，但湘系缺乏一支能够保卫自己权力的武力，哪怕魏光焘重建了一支部队，但是旧的湘军模式已经不能适合这个新的时代了，且湘军也失去了自己成立时的理念。
湘军和淮军成立时，国内地主阶级还是主张华夏高于蛮夷的，因此捍卫名教就是这些地主武装的建军理念，这些武装的核心人物是儒生而不是什么武夫。但是在庚子国难之后，国内的开明知识分子已经占据了社会主流，认为不向西方学习将会导致中国亡国灭种了，1906年前往日本的中国留学生数量已经接近2万人，几乎是4年前的10倍。
此时，新军的灵魂已经变成了这些试图救亡图存的新知识青年，而旧军中几乎看不到什么知识分子，魏光焘虽然大办教育，但是他遇到了和张之洞一样的问题，教育出来的年青人并没有成为湘军的骨干，而是成为了革新派的支持者。
魏光焘对国会提出的改组方案选择中立，是因为他不想被武汉牵着鼻子走，他可不是直隶总督，对国务会议施加不了多少影响力。说难听一点，大清失去权威，两江总督在地方上和土皇帝有什么区别？但是加入了国务会议之后，他就只有一票而已，他要是不理会国会会议的决议，反而给了武汉和北洋干涉两江政务的借口，因此自然是维持现状最好。
但是，他的立场不仅没能获得两江舆论界的支持，甚至连湘系内部都有人不满他的决定。比如曾国藩的小女婿浙江巡抚聂缉椝就认为，当下中国正面临内忧外患，不改革肯定是不行的。不改革的话，不是洋人要打他们，英国人和俄国人不是已经在打了么，就是内部也要爆发革命了。
所以，支持国会对体制进行改组，至少还有一线生机，魏光焘为了自己的权位选择中立，这显然就有些自私了。江苏的士绅之所以不愿意支持这位两江总督，和魏光焘只提拔湖南人是分不开的，相比之下他们更欣赏国会的改组方案，只是认为国会应当给出更多的位置给与江苏人而已。
和江浙立宪派持有同样焦虑心情的还有革命党，以孙文为首的同盟会一方面在报纸上批评武汉和满清进行妥协，有违革命理想；一方面则积极的准备着两广地区的武装起义，试图掌握一块真正属于革命党人的地盘。