五月二十七日，国民报上刊登了一则关于庚子赔款的各省摊派消息，“最多的江苏、四川、广东分别摊赔250万、220万、200万两，其次江西、浙江各摊140万两，湖北、安徽也分摊到120万、100万两，其余的省分摊30万至90万不等，最困难的贵州也摊到20万两，总计各省每年共摊赔1880万两。”
这一消息很快就激怒了东南各省士绅百姓，东南保护会议在各省的分部向本省督抚求证这一消息的确实性，并要求本省督抚拒绝这一摊派方案。于此同时，蒙古新疆各王公也纷纷去电中央，表示自己从未支持过对万国宣战，因此他们不能接受摊派赔款。
此时慈禧和光绪尚未回京，为了确保中央能够重新运转起来，光绪27年三月初三日，慈禧以光绪的名义颁发上谕设立政务处。“庆亲王奕劻、大学士李鸿章、荣禄、崑冈、王文韶、户部尚书鹿传霖，为督办政务大臣，刘坤一、张之洞亦着遥为参预”，要求各政务大臣“于一切因革事宜，务当和衷商榷，悉心详议，次第奏闻。俟朕上禀慈谟，随时择定，俟回銮后切实颁行”。
对于各省及蒙疆王公对于赔款提出的抗议，政务处最终采取了不同处置的办法。对于蒙疆王公的要求政务处采取安抚，表示不会往他们身上摊派赔款，对于各省提出的抗议，则采取了强行压制的办法，警告各省士绅不要干涉朝廷政事。
这一区别对待的方式进一步激怒了东南各省士绅百姓，六月二十三日上海市民罢工罢市向英法列强示威抗议，要求尊重东南保护协议，把东南各省从惩罚性条款中去除。但是市民游行队伍在接近英租界时遭到了英租界巡捕的阻扰，很快就变成了冲突事件，英国人下令对群众开枪，打死打伤三十余人。
这一暴行彻底激怒了中国人，之后南京、九江、武汉、广州等地都出现了反对英国的游行示威活动。原本站在朝廷一边压制民众的刘坤一、张之洞，不得不修正了自己的立场，一边派人隔离群众游行队伍和各国租界，一边向各国提出了交涉，希望各国尊重东南保护协议的约定。
国民报刊登了东南保护会议的社评，“满洲欲以中国为殖民地，以中国之物力取悦各国之欢心，那么满洲和中国就应当分离，使满洲归满洲，中国归中国。所谓4亿5千万两赔款，完全可以用满洲、蒙古、新疆之土地充抵。”
一时之间，东南各省独立的呼声开始高企，之前主张强硬镇压各省意见的荣禄和奕劻开始安静下来了，他们不断向刘坤一、张之洞去电，询问两总督到底是什么立场。
刘坤一的电报比较直接，他直言不讳的对政务堂表示了不满，大意是：就算是民间买卖还有个讨价还价的过程，结果你们办外交连还价都不还，这是真把自己当棒槌了吗？
张之洞的底气究竟没有刘坤一足，他在电报里把问题推给了地方上士绅的不满，表示自己虽然是站在朝廷一边的，但是众怒难犯。
刘坤一、张之洞最终表达的意见都是一个，就是东南互保协议当初是保护了洋人的，现在洋人不能不认账。他们当初站在洋人这边为东南互保协议打了包票，现在总不能自己再跳出来反口，就算洋人不要脸，他们还是要脸的。
在八国联军占领了北京之后，中枢的权威其实已经从朝廷转向了李鸿章、刘坤一、张之洞这些地方实力派督抚手中。李鸿章因为能够沟通中外，所以才被召到京城担任谈判事宜。
李鸿章转向支持朝廷之后，东南督抚自然也就四分五裂了，因为刘坤一的身体太弱，而张之洞毕竟是清流出身，实力不足以号召群雄。
但是这个时候士绅的力量开始走上了前台，镇压太平天国也好，洋务运动也好，维新变法运动也好，都是地方士绅势力抬头的开始。满清和历代王朝有所不同的是，它从建立的第一天开始就有一支能够压制地方士绅的武力八旗。
但是这支满人的武力到了1900年八国联军入侵之际，终于暴露出了无能虚弱的本质。满洲根本在几个月之内就被俄国人给占领了，还不如一群没有枪炮的农民抵抗联军的久，这个时候所谓的满人武功神话也就彻底破产了。
而也正是看到满人在武力上已经无法压制汉人督抚了，慈禧才迫不及待的抛出了推动新政雪耻的主张，实际上就是为了拉拢汉人中的实力派，让他们继续支持满人的统治而已。
地方士绅的力量虽然在1900年之后上升到了顶点，但是有一个缺陷是怎么也没法弥补的，就是家乡本位主义，他们只关注自己家乡利益不受损，对于家乡以外的地区几乎是不怎么关心的，这也是东南互保能够得到这些士绅支持的原因。
但是东南保护会议的出现，给了这些地方士绅一个联合出声的机会。在这样的局势下，中央的威信已经不足以震慑这些地方士绅，而刘坤一、张之洞这些地方实力派也需要地方士绅的支持，才能对抗朝廷的大义，这也是东南互保协议能够达成的重要原因。
当这些地方士绅要求地方督抚们兑现东南互保协议的约定时，刘坤一、张之洞自然也不能动用武力把这种声音打压下去，因为这和自断根基也没差别了。一个地方督抚搞得地方上天怒人怨，还和朝廷争夺权力，这不是找死么？
李鸿章能这么干，因为李鸿章觉得自己有这样的本钱可以压制士绅们的不满，但是李鸿章也没有预料到，他会遭到一整个士绅阶层的反对，就连家乡安徽的士绅也在痛骂他。刘坤一、张之洞的实力不及李鸿章，自然就更加不会步李鸿章的后尘。
说到底，这些士绅对于朝廷的批评和对李鸿章个人的攻击，都没有走到造反的地步，要把这样一群人都推到敌对的立场上去，哪怕是刘坤一、张之洞这样的封疆大臣也有些吃不消。
而刘坤一、张之洞的不满也终于引发了一点变化，李鸿章终于承受不住压力中断了谈判，这下英国人又开始慌了。虽然英国人信誓旦旦的表示，绝不会在同清政府的谈判上做出任何退让，但是英国的力量在布尔战争中已经遭到了重大损失，英国人现在都已经开始考虑如何体面的结束布尔战争了，自然不会想在远东陷入一个更大的战争泥潭。
之前英国人之所以态度强硬，是因为中国人在俄国人面前太过软弱，甚至有出让满洲、新疆、外蒙的利益迹象，这对于英国来说是难以接受的结果。假如俄国在这三处地方获得重大利益，那么不仅东亚的格局将出现一个较大的变化，甚至连印度的安全也受到了威胁，毕竟新疆下面就是西藏。
简单的说，假如中国人很软，那么英国人就会变得很强硬，因为这将会迫使中国人不至于对俄国做太多的让步。但如果中国人突然变强硬了，对于英国人来说却又是一个极大的麻烦，因为英国并没有意思扩大在华战争，也无力扩大对华战争。
于此同时，各国对华立场也在出现新的变化，原本极力主张扩大对华战争的德国，现在也开始后退，主张维持清政府的存在是符合各国利益的，只不过德国厌恶慈禧继续掌权，倾向于让光绪亲政。
而俄国也开始从拒绝同各国商议满洲事务转向了可以同中国单独讨论撤军事务，俄国之所以会有这样的改变，自然不是良心发现，而是俄国的财政支持不住了。
为了侵略满洲，俄国政府一次性就拨出了1.5亿金卢布，战争期间每三四天就要花掉100万卢布。1900年1月1日，财政大臣维特宣称国库里又现款2.5亿金卢布，但是到了12月份，国库里已经一个卢布都没有了。
而此时的俄国经济正处于十年繁荣之后的工业危机当中，大批的工人失业，农民破产，对于沙皇政府在远东发起的战争，俄国国内的知识分子并没有为之欢欣鼓舞，而是在痛骂沙皇政府打着文明的旗帜做野蛮之事实。
火星报对这场战争做出了最为辛辣的评价，“这场战争对谁最有利？它对一小撮同中国做生意的资本家大亨有利，对一小撮向亚洲市场倾销商品的工厂主有利，对一小撮现在靠定期军事订货大发横财的包工头最有利，对一小撮身居军政要职的贵族有利…我国政府为了这一小撮资本家和狡猾的官吏的利益，竟断然牺牲了全国人民的利益。”
1901年，俄国农业歉收，将近20个省被波及，这进一步加剧了俄国人民对于沙皇专制政府的不满。在这样的国内形势下，沙皇政府也不得不开始缓和同中国之间的关系，以向本国民众表示自己并没有扩大战争的企图。
法国人和美国人依旧在边上打酱油，他们对于扩大对华战争没兴趣，但并不想放弃自己应得的战争红利。日本则依旧小心翼翼的在列强和中国之间左右逢源，一边支持中国在满洲问题上保持强硬姿态，一边则对俄国在满洲的行动含糊其辞。