1910年11月1日，林信义在巴塘登上日本商船前往上海，然后预备从上海返回国内。他之所以要乘坐商船离开巴厘岛，是因为同荷兰人的谈判并没有结束，但是国内已经不希望他停留在南洋，生怕他继续搞出什么大动静，因此电令其回国汇报巴厘岛事件的详细经过。
堀悌吉和高野五十六前来为其送行，堀悌吉还有些担心林信义这一次回国会受到上层的质疑，毕竟这一次林信义可是承担了所有的责任，虽然一些海军上层默许了此事，但他们不会承认自己事先知道这件事，于是此事就变成了林信义这个海军参谋的专断之举。
不过一旁的高野五十六倒是和林信义谈笑风生，还要求林信义回国后把在巴厘岛拍下的照片寄给自己几张以做留念。而林信义自己看起来也没什么担忧的，他临上船之前还对两人说道：“巴厘岛可真是一个风景优美的地方，你们待在这里的时候可以找一找地方，看看什么地方合适修建一个海军疗养院，日后可以让海军军官过来度假…”
在林信义登船后，堀悌吉终于忍不住对着高野五十六说道：“这一次和英国军舰对峙，高层应当不会承担责任吧。你就不担心林君回国后会被问责吗？”
高野五十六依然是一副满不在乎的神情，他对这位同窗回道：“你学问确实是同期最好的，但是同期中最出色的为什么是林君而不是你，你知道原因吗？”
堀悌吉其实不太想讨论这个问题，不过在巴厘岛事件之后，他不得不澄清一下自己的立场，因此还是简单的回答道：“总有人说我对林君一直是不服气的，但这都是谣言，林君作为海兵32期最出色的毕业生，我对此从来没有否定过。”
高野五十六停下脚步看着堀悌吉笑着说道：“你可真是严肃，这就是林君比你出色的原因所在。林君自己都不在意高层的反应，我们替他焦虑什么。从他入学那天开始，他就一直都在反对别人制定的规则，并建立自己的规则，直到今天为止，你看他失败了几次？
我们在规则之内，但他却在规则之外，所谓的高层的愤怒对他有多大的影响力，我深表怀疑。说起来，这种不受规则约束的自由，可真是让人羡慕，可惜我们都办不到。”
对于高野的感慨，堀悌吉也是陷入了沉默，被高野这样一说，他也顿时醒悟了过来，林信义在和英国军舰对峙期间确实过于淡定了，所以在英国人没有反应过来之前做出了决断，利用英国人对破坏英日同盟的犹豫，断然发起了对荷兰人的攻击，而日荷冲突爆发后，英国人就更加没法决断了。
换了任何一名海军军官，都不可能冒着和英国军舰爆发冲突的情况下对荷兰军舰下达攻击的指令，而迟疑的后果就可能导致英国人以谈判的名义阻止日本和荷兰军舰的交战，那么荷兰人占领巴厘岛就会变成事实，最多也就是保护岛上的日本人和外国人不受侵犯而已。
巴厘岛事件，实际上说明了英国军舰的指挥官比林信义更遵守规则，才被规则给约束住了。林信义既然不愿意遵守规则，自然对高层的指责不会放在心上，如果海军的规矩能够把林信义束缚住，那么林信义就不可能出现在巴厘岛。
在堀悌吉陷入沉思时，高野看着远处的大海已经把心思转到其他方向了，“巴厘岛确实是个好地方，欧洲人在亚洲的统治，开始崩坏了啊。林君打开的局面，我们绝不能再让出去。”
听到高野充满野心的话语，堀悌吉虽然在研讨会中持和欧美共存的温和派立场，但在这一刻也没有反驳高野的言论。他确实反对和欧美爆发正面冲突，因为他认为日本并无胜算，但是如果日本在这种冲突中获得了胜利，那么自然又另当别论。
在林信义发动巴厘岛计划之前，海军研讨会中大部分人是持反对意见的，因为大家都认为荷兰人身后站着英国人，而日本不要说对付大英帝国的全部力量，就是对付大英帝国在印度洋的海上力量都未必能自保，因此此时去撩拨英国人在南洋的利益，显然是一种极大的冒险，更何况美国的大白舰队就在太平洋，要是英美因此联合起来对付日本，那就更加得不偿失。
高野是少数几个支持林信义的，高野和其他人一样看不到巴厘岛计划成功的可能性，但是他认为美国大白舰队的全球航行路线说明了美国和英国之间没有达成互信，否则美国舰队的第一站应当是访问大西洋对面的英国本土。既然美英没有建立互信关系，那么日本在这个时候挑起同荷兰的冲突，即便失败也不会有多么严重的后果，毕竟英国还需要日本在太平洋方向围堵美国海军的势力扩张。
只是高野也没想到，林信义居然能够拉出一个亚洲联盟作为日本的后援，这就使得日英冲突的几率大大的下降，而美国人也终于忍不住对东印度群岛产生了野心，和日本海军在巴厘岛事件上达成了默契，这个曾经被研讨会认为不可能成功的计划，却被林信义完成了。
巴厘岛事件带来的最大影响就是，英国在南洋地区所建立的地区秩序，实际上已经破产。此前英国人保证了荷属东印度群岛的存在，并迫使各国不得以武力夺取荷兰对东印度群岛的统治权。但是现在么，各国借助人权问题对东印度群岛上的原住民进行了关怀，虽然各国没有否定荷兰对东印度群岛的统治权，但却承认了原住民有反对荷兰暴政的自卫权力。
现在英国人的立场就比较尴尬，如果他们认可荷兰人对群岛土着有武力征服的权力，那么就代表各国也有武力夺取殖民地的权力，而反抗暴政这也是英法对德的一个道德高地，法国人认为德国人强占了阿尔萨斯和洛林，而英国人则认为德国支持意大利和奥匈帝国在北非、东欧的扩张是不符合道义的。
相比起维护欧洲秩序的重要性，远东地区的势力范围划分显然是次等的，英国人如果还是处于强大的维多利亚时代，自然想怎么制定规则就怎么制定规则，毕竟没人能够挑战皇家海军的威严。
但是现在是无畏舰竞争的时代，各国都在新的强大军舰技术上进行竞赛，英国过去一百年中所积累的海上力量，随着无畏舰的出现正迅速被淘汰掉。虽然英国人还保持着无畏舰制造技术及数量的领先优势，但英国皇家海军和各国海军之间的差距正迅速缩小，特别是德国的公海舰队已经真正具有了威胁英国海上优势的力量。
在这样的局面下，英国人已经不能依赖武力压制全球的竞争者，他们只能把自己的主要力量用来对付距离自己最接近的对手，而试图和次要的对手建立和平关系。
巴厘岛事件的意义就在于，打破了英国皇家海军在南洋地区的威慑力，让各国意识到这个地方已经不是皇家海军说了算的地区，相关国家都有权力提出自己的利益要求，从而在大家的同意下重建地区秩序，否则该地区就不会有和平可言。
英国人显然也是读懂了林信义释放出的信号，所以在无法威慑日本海军放弃对于巴厘岛的保护后，也不得不同意让荷兰人同巴厘岛土着王国在联盟和自己的见证下进行和平谈判。这一行动其实就是表示，英国人在南洋秩序上做出了妥协，承认各国在南洋的利益应当得到承认。
这样一来，原本在大英帝国保卫下垄断了东印度群岛利益的荷兰人，现在就变成了各国眼中的新猎物，荷兰人可以继续统治东印度群岛，但是东印度群岛的利益不能由荷兰人决定。如此日本海军在南洋的局面就被打开了，海军对于南洋的野心自然也就从纸面变成了现实。
堀悌吉澄清自己没有和林信义竞争的意识，也是因为这一事件极大的提升了林信义在舰队官兵中的威望，过去舰队军官们只是觉得林信义是个有才能的参谋，但终究没有上过舰，因此并不能将之视为真正的海军领袖，但是此次事件令林信义的决断力在舰队中传播了开来，于是林信义也从参谋的形象转向了舰队指挥者。
东乡平八郎之所以能够得到舰队上下的认可，就是因为东乡指挥了对俄作战，在东乡之前还没有一位日本海军将领认为日本海军可以击败一支白人海军。而林信义今次则是打破了海军对于英国皇家海军的恐惧心理，对于这位老师，海军上下都是诚惶诚恐，压根不认为自己能够挑战对方。
如果林信义只是坐在办公室里拟定计划，估计大家还没多大感觉，但是林信义站在了第一线并亲自承担起了下达命令的责任，这就使得他的声誉迅速的在舰队中上升了。堀悌吉要做出澄清，也是知道林信义因为巴厘岛事件在海军中的威望将不断上升，他并不愿意成为对方的陪衬和小丑，才会这么做。
高野的猜测其实大差不差，返回东京后的林信义只是被单独关押了几天，责令其就巴厘岛事件的原委写一份详细的报告，然后就被放了个年假，让他回去休息了。
虽然海军方面似乎对林信义的胆大妄为做出了处置，不过这种处置并没有伤及林信义在海军中的影响力，革新社在巴厘岛事件之后进一步加强了在海军中的影响力，并因此获得了对于亚洲联合海军建立的更多的建议权。
河原在元老重臣会议上为林信义的行动做出了辩护，反对山县和陆军对于林信义行为的指责，认为这就是一起突发事件，林信义做出的决定虽然有些草率，但都还是符合规范的，海军没有理由对其进行追究责任，河原还进一步嘲讽道：“如果林信义中佐的行为是大逆不道，那么陆军冲进朝鲜王宫侵犯并处死朝鲜王后的举动算什么？相比之下，海军至少维护了日本的荣誉。”
海军拿明成王后事件当挡箭牌，确实让山县和陆军受到了挫败，而包括伊藤在内的其他元老，也不愿意追究海军的责任，毕竟海军主导的亚洲联盟的建立，极大了扩张了日本在亚洲事务上的发言权，这个时候追究海军的责任，显然是不合适的。
当初日本政府包庇陆军在朝鲜半岛上发动的政变，而且还失败了，就是因为征服朝鲜半岛是日本的国家意志，自然不会去惩罚作为直接行动者的陆军。现在的局面也和当初类似，海军的南下政策实际上已经获得了政界和财界的支持，不要说海军在这次事件中获得了成功，就算是失败了也不应当受到惩罚，否则政界在陆海军之间就没法平衡了。
而且新登基的英王乔治五世显然无意在远东搞出什么争端，因此英国在巴厘岛事件之后所表现出的妥协立场，也让日本政界更加倾向于海军的南下路线，因此对于海军在巴厘岛事件中的追责最后不了了之。但是海军虽然没有背负责任，山本领导的内阁却遭到了山县猛烈的批评，认为山本领导的内阁纵容了海军的妄为，要求其负其责任来。
山县对于山本内阁的反难倒是获得了伊藤等元老的支持，无他，海军这几年在政治上势力发展太快，已经引发了陆海军势力的失衡，政界大佬们虽然支持山本内阁的政治路线，但也不能忍受海军继续扩大在政治上的影响力，否则日本就真的变成海军的一言堂了。
山本权兵卫面对这个局面也是始料未及，他没有想到这件事居然还能让自己承担起责任，他虽然不想承担这个责任，因为实在是有些荒唐，连英国人都已经开始妥协了，没人追究的情况下，他负啥责任？
但是山县、伊藤等元老认为他对海军管理不严，才会导致海军出现越矩的行为，因此他还是应当承担起责任，以严肃海军的军纪。松方正义比山本权兵卫清醒，在私下里他劝说山本首相，“并不是真的要你承担什么责任，而是亚洲联盟的建立和千叶县土地改革、工业中心的建立，都在海军手上完成了，要是你现在不下台，等到成绩出来之后，海军在政治上的影响力就没法控制了。所以，你现在下台，可以让政界的力量恢复平衡，这是应有之意…”
山本权兵卫是很难理解这个政治平衡的应有之意的，但是他现在确实没法对抗的了陆军和伊藤系的压力，特别是因为担心千叶县土地改革会扩散到其他地区，国会形成了一个反山本内阁联合的团体，正借着巴厘岛事件将会引发日英同盟破裂为借口，要求山本内阁总辞。
新萨摩一系的政治和财阀势力并不想在这个时候和其他派系开战，因此也劝说山本权兵卫体面下台，然后等待时机再卷土重来。
立宪政友会的原敬看到了机会，第一任西园寺内阁的失利使得原敬认为必须要实现彻底的政党内阁，否则就没法改变藩阀政治，因此在西园寺内阁下台后，他就开始致力于统一政友会内部各派系，为政党内阁的建立做好准备工作。
不过原敬还是明白日本政治的实质的，如果没有军部的认同和财界的支持，那么光凭民主的口号是没法让政党政治变为现实的，所以他一直对古河财阀加以影响，并交好三井、三菱财阀。
当意识到山本内阁的政治基础已经动摇后，原敬立刻联合三井、三菱这些大财阀，表示要考虑在日本的工业计划中加大财阀的作用，从而赢得了这些大财阀对政友会组阁的支持，接着他又推动西园寺公望和桂太郎结盟，以赢得陆军的支持。
桂太郎和长州派都清楚，山本权兵卫即便宣布辞职，陆军也不可能出面组阁，因为之前的朝鲜问题上，陆军已经丢了脸，海军都因为巴厘岛事件失去了内阁，这个时候怎么可能让陆军上台组阁，所以西园寺公望代表政党组阁，是一个能够获得各方接受的现实。
同时，原敬也和山本权兵卫进行了私下交易，表示西园寺公望内阁一旦维持不下去，那么政友会会支持山本权兵卫卷土重来，海军的亚洲联盟及在千叶县的利益，政友会不会去触动。在这样的政治交换下，山本权兵卫终于在1911年一月宣布辞职，西园寺公望于一月底宣布组阁。